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FlashBacter: construcción de memorias artificiales en sistemas biológicos

14 abril, 2011


Un equipo de la Universidad Pablo de Olavide (UPO) de Sevilla va a presentar un proyecto de desarrollo de minimemorias biológicas (llamadas FlashBacter) en el marco del concurso iGEM de Biología sintética que tendrá lugar este verano en el MIT.

Desde el año 2004, el MIT (Instituto de Tecnología de Massachussets) organiza el concurso internacional iGEM (“International Genetically Engineered Machine”) con el objetivo de dar a conocer la Biología sintética. Esta competición está orientada a estudiantes universitarios, que han de trabajar durante todo el verano para desarrollar un proyecto en el que se utilicen técnicas de Biología sintética.

En el año 2010, el equipo UPO-Sevilla se convirtió en el primer equipo andaluz en formar parte de este concurso con su proyecto “Bacterial Crodwing”. El objetivo de ese proyecto fue explorar la posibilidad de dirigir una pequeña población de bacterias hacia una diana no difusible expuesta en una superficie biológica o abiótica para conseguir una interacción eficaz. El modelo experimental empleado fue Escherichia coli, la bacteria modelo por excelencia en Biología Molecular, como organismo transportador, y paredes celulares vegetales como diana. En un futuro se podría modificar el sistema para el reconocimiento de otro tipo de dianas (sustancias contaminantes, superficies de células cancerígenas, etc.). En esa primera toma de contacto se alcanzaron objetivos parciales, siendo éstos suficientes para llegar a ser presentados en el MIT. El equipo amplió el número de “biobricks” disponibles en el catálogo de partes biológicas y llegó a realizar construcciones genéticas con ellas, analizando el comportamiento quimiotáctico de las bacterias en estudio. Por otro lado, se implementó una simulación por ordenador de la evolución del sistema cuyos parámetros podían ser modificados por los usuarios para así acercarse más a las condiciones experimentales. Los modelos matemáticos que describían el proyecto fueron planteados y la mejor conclusión que se pudo sacar de ellos fue la robustez del sistema. El ocho de noviembre de 2010 en Boston, el equipo iGEM UPO-Sevilla recibió una medalla de bronce honorífica por este proyecto.

Premio del grupo ganador del concurso iGEM 2010

Este año el proyecto que presenta el equipo de la UPO se llama FlashBacter y su principal objetivo es la construcción de diminutas memorias biológicas. El almacenamiento de información en los ordenadores se realiza gracias a “biestables”, componentes electrónicos capaces de estar en dos estados, habitualmente denominados 0 y 1. En el núcleo del proyecto se encuentra la búsqueda de los sistemas moleculares que recreen mejor un biestable electrónico, acercándonos a la robustez de la informática y permitiéndonos la construcción de una pequeña memoria viva. La construcción de sistemas biológicos biestables es un tema candente en estos momentos en el que varios equipos iGEM han basado sus proyectos en ediciones anteriores. No obstante, los resultados positivos no han sido tan fáciles de alcanzar como se esperaba. El equipo UPO-Sevilla se plantea el diseño y construcción de sistemas biestables a distintos niveles de regulación biológica empleando varios organismos modelo, desde bacterias a levaduras. La comparación del funcionamiento de los distintos biestables biológicos permitirá servir de guía a futuros trabajos relacionados. Nos serviremos así de los conocimientos de la informática para mejorar los sistemas de control biológicos, de forma que podamos controlar el funcionamiento celular con mayor precisión.

El equipo UPO es multidisciplinar y está formado por 16 personas, entre estudiantes y profesores. Esta es la alineación del equipo:

(i) Estudiantes: Adrián Arellano Davín (Biotecnología), David Caballero Pradas (Biotecnología), Paola Gallardo Palomo (Biotecnología), Yolanda Elisabet González Flores (Biotecnología), José Gutiérrez Tabuenca (Ing. Técnica Informática), Amalia Martínez Segura (Biotecnología), Aída Moreno Moral (Biotecnología), Luis Eduardo Pavón (Ing. Técnica Informática) y Félix Reyes Martín (Biotecnología).

(ii) Profesores: Víctor Álvarez Tallada (Genética), Manuel Béjar Domínguez (Ing. De Sistemas y Automática), Fernando Govantes Romero (Microbiología), Luis Merino Cabañas (Ing. De Sistemas y Automática), Antonio J. Pérez Pulido (Bioinformática), Antonio Prado Moreno (Fisiología Animal) y Rafael Rodríguez Daga (Genética)

Equipo iGEM UPO-Sevilla 2011-04-13

Desde “La Ciencia y sus Demonios” deseamos mucha suerte al equipo iGEM UPO-Sevilla y que se traiga otra medalla para España. Quien esté interesado en colaborar o recibir más información con el proyecto puede hacerlo en la siguiente dirección:

Puntos de contacto

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  1. Marino
    14 abril, 2011 de 11:29

    Recuerdo hace años cuando leí un artículo sobre el futuro y las posibilidades de la bioinformatica, era como de ciencia ficción, pero de esa que sabes que es cuestión de tiempo que se haga realidad. Que cracks todos ellos, espero que consigan hacer un gran papel.

    Y por cierto, el trofeo es GRANDIOSO! Una ficha de LEGO!! (aunque yo prefiero el tente :P)

  2. 14 abril, 2011 de 13:09

    Buenas:

    Grande el equipo, a ver si consiguen alcanzar el objetivo

  3. 14 abril, 2011 de 13:24

    Mucha suerte.

  4. Selfish
    14 abril, 2011 de 13:54

    Curioso campo el de la biotecnología. Mucha suerte al equipo!

  5. debish
    14 abril, 2011 de 22:06

    @Marino: creo que la bioinformática tiene poco que ver con el proyecto que están desarrollando. Yo lo llamaría simple y llanamente, biotecnología.

  6. AvA
    14 abril, 2011 de 23:18

    Sí que es prometedora la biotecnología. ¡Mucha suerte! 😉

  7. David D
    15 abril, 2011 de 0:07

    ¡Ains!Si en el futuro pudieras aprender una carrera comprandote una solución oftalmológica en la farmacia…O un master que se aprende colocando una pastilla debajo de la lengua…
    O la biblia en un parche transdermal…¡Oh no!¡Eso no!…Mejor una tradicional dosis oral. De ese modo podrás cagarla después y poner a cada uno en el lugar que le corresponde, al fin.
    Estamos en el comienzo de una gran era. Espero que mi vida sea lo suficientemente larga para ver éste y otros avances.

  8. Marino
    15 abril, 2011 de 16:01

    debish :
    @Marino: creo que la bioinformática tiene poco que ver con el proyecto que están desarrollando. Yo lo llamaría simple y llanamente, biotecnología.

    La biotecnología es un campo grande. Viendo que van a aplicar biotecnología para fabricar memorias biologicas, y fijandose en el campo de algunos de los participantes, creo que algo si que tiene que ver con la bioinformática, no?

  9. Yolibeth
    15 abril, 2011 de 16:04

    debish :
    @Marino: creo que la bioinformática tiene poco que ver con el proyecto que están desarrollando. Yo lo llamaría simple y llanamente, biotecnología.

    Formo parte del equipo y te digo que sin los informáticos no seríamos nada. Ni te imaginas lo que tienen que trabajar nuestros informáticos para que el proyecto avance. Actualmente la ciencia es multidisciplinar.

  10. debish
    15 abril, 2011 de 20:58

    @Marino, @Yolibeth: Y yo no digo que no sea necesaria la intervención de informáticos, lo único que he dicho es que eso NO es Bioinformática, sino Biotecnología. Y por todos es sabido que la Biotecnología es una ciencia multidisciplinar, como tantas otras.

    Por cierto Yolibeth, aprovecho para daros mi más sincera enhorabuena, sois todo un ejemplo de creatividad y trabajo bien hecho, que sin duda servirá como motivación para muchos que, como yo, estamos cerca de licenciarnos en Biotecnología.

    Un saludo.

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